Plasmid Rekombinan Penyandi Messenger RNA Sintetik Pendeteksi Daerah Lestari pada Nukleotida 28386-28415 dari Genom SARS-CoV-2

Invensi ini berkaitan dengan desain dan konstruksi suatu vektor plasmid yang mengandung urutan nukleotida penyandi mRNA sintetik yang terdiri dari promoter T7, toehold switch yang mampu mengenali daerah lestari pada genom Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2) yaitu nukleotida 28386-28415 dari Open Reading Frame (ORF) 9 dan gen pelapor berupa superfolder green fluorescence protein (sfGFP). Urutan nukleotida toehold switch yang mampu mengenali nukleotida 28385-28414 genom SARS-CoV-2 didesain dengan software Toehold Switch Web Tool dengan input berupa urutan nukleotida ORF9 SARS-CoV-2 dari pasien Indonesia di Global Initiative on Sharing All Influenza Data (GISAID, accession number EPI_ISL_414377). Urutan yang diperoleh digabungkan dengan urutan gen penyandi sfGFP (Genbank, accession number AB971579.1) yang telah dioptimasi urutannya sesuai dengan preferensi kodon Escherichia coli. Gabungan urutan nukleotida tersebut disintesis dan dikonstruksi di vektor plasmid pET-16B di sisi restriksi BglII dan BlpI untuk membentuk plasmid rekombinan pET16B-Sensor28385. Keberhasilan konstruksi pET16B-Sensor28386 telah dikonfirmasi dengan sekuensing Sanger. Plasmid pET16B-Sensor28386 dapat digunakan untuk mendeteksi keberadaan materi genetik dari SARS-CoV-2 di suatu sampel apabila dicampur dengan reagen untuk reaksi transkripsi dan translasi in vitro berbasis E. coli.