Plasmid Rekombinan Penyandi Messenger RNA Sintetik Pendeteksi Daerah Lestari pada Nukleotida 28384-28413 dari Genom SARS-CoV-2

Research output: Patent

Abstract

Invensi ini berkaitan dengan desain dan konstruksi suatu vektor plasmid yang mengandung urutan nukleotida penyandi mRNA sintetik yang terdiri dari promoter T7, toehold switch yang mampu mengenali daerah lestari pada Open Reading Frame (ORF) 9 dari genom Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2) khususnya pada nukleotida 28384-28413 dan gen pelapor berupa superfolder green fluorescence protein (sfGFP). Desain toehold switch yang mampu mengenali nukleotida 28384-28413 dari genom SARS-CoV-2 dilakukan dengan software Toehold Switch Web Tool dengan input berupa urutan nukleotida ORF9 SARS-CoV-2 dari Global Initiative on Sharing All Influenza Data (GISAID, accession number EPI_ISL_414375). Urutan yang diperoleh digabungkan dengan urutan gen penyandi sfGFP (Genbank, accession number AB971579.1) yang telah dioptimasi urutannya sesuai dengan preferensi kodon Escherichia coli. Gabungan urutan nukleotida tersebut disintesis dan dikonstruksi di vektor plasmid pET-16B di sisi restriksi BglII dan BlpI untuk membentuk plasmid rekombinan pET16B-Sensor28384. Keberhasilan konstruksi pET16B-Sensor28384 telah dikonfirmasi dengan sekuensing Sanger. Plasmid pET16B-Sensor28384 dapat digunakan untuk mendeteksi keberadaan materi genetik dari SARS-CoV-2 di suatu sampel apabila dicampur dengan reagen untuk reaksi transkripsi dan translasi in vitro berbasis E. coli.
Original languageUndefined/Unknown
Patent numberS00202104442
Filing date12/06/21
Publication statusPublished - 14 Jun 2021

Cite this