Plasmid Rekombinan Penyandi Messenger RNA Sintetik Pendeteksi Daerah Lestari pada ORF1ab Genom SARS-CoV-2

Invensi ini berkaitan dengan desain dan konstruksi suatu vektor plasmid yang mengandung urutan nukleotida penyandi mRNA sintetik yang terdiri dari promoter T7, toehold switch yang mampu mengenali daerah lestari di Open Reading Frame (ORF) 1ab dari Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2) dan gen pelapor berupa superfolder green fluorescence protein (sfGFP). Desain toehold switch yang mampu mengenali daerah lestari ORF1ab dilakukan dengan software Toehold Switch Web Tool berdasarkan daerah lestari ORF1ab dari Global Initiative on Sharing All Influenza Data (GISAID, accession number EPI_ISL_410487). Urutan yang diperoleh digabungkan dengan urutan gen penyandi sfGFP (Genbank, accession number AB971579.1) yang dioptimasi urutannya sesuai dengan preferensi kodon Escherichia coli. Gabungan urutan nukleotida tersebut disintesis dan dikonstruksi di vektor plasmid pET16B di sisi restriksi BglII dan BlpI untuk membentuk plasmid rekombinan pET16-SensorORF1ab. Urutan dari nukleotida gabungan yang diinsersikan ke pET-16B tersebut telah dikonfirmasi dengan sekuensing Sanger. Plasmid pET16B-sensorORF1ab dapat digunakan untuk mendeteksi keberadaan materi genetik dari SARS-CoV-2 di suatu sampel apabila dicampur dengan reagen untuk reaksi transkripsi dan translasi in vitro berbasis E. coli